La primitiva iglesia de "Sant Joan del Mercat", o "Sant Joan de la Boatella" se alzó en el siglo XIII en el arrabal de la ciudad conocido como "la Boatella", fuera de las murallas musulmanas. La primera mención de la que disponemos es de Teixidor y nos dice que en 1240 el obispo de Valencia Ferrer de Pallarés (1240-1243) hace donación de una antigua mezquita para que sobre ella se construya una iglesia dedicada a San Juan Bautista.

     En 1245 ya estaba construida pues se tiene constancia de la firma de Petrus Ferran como rector de Sant Joan de la Boatella en un documento de la época. Puede ser que este antiguo templo compartiera todavía parte de la estructura de la mezquita. Después pasaría a tener como segundo titular del templo a San Juan Evangelista.

     La reforma adoptó una decoración de tendencia italiana y centroeuropea, en el que tienen una decisiva responsabilidad artistas extranjeros como el italiano Giovanni Giacomo Bertessi (Jacobo Bertessi) (Soresina-Cremona 1643 - Cremona 1710) y el alemán Antonio Aliprandi (Laino-Austria 1654 - 1718). De esta época es donde le viene su definitiva configuración tal y como la observamos hoy día.

     A inicios de la Guerra Civil de 1936, el templo es incendiado, durante tres días y tres noches estuvo ardiendo y gran parte del patrimonio mueble (retablos, pinturas, archivos etc.) se perdió para siempre. A día de hoy todavía las pinturas de la bóveda permanecen ennegrecidas a consecuencia del incendio y las mismas que podíamos encontrar en el ábside se perdieron para siempre.